• 全身性自己免疫疾患
  • 関節リウマチ（RA）
  • 全身性エリテマトーデス（SLE）
  • 抗リン脂質抗体症候群（APS）
  • 全身性強皮症（SSc）
  • 多発性筋炎/皮膚筋炎（PM/DM）
  • 混合性結合組織病（MCTD）
  • シェーグレン症候群（SS）
  • 血管炎症候群
  • 顕微鏡的多発血管炎（MPA）
  • 多発血管炎性肉芽腫症（GPA）
  • 好酸球性多発血管炎性肉芽腫症（EGPA）
  • 抗糸球体基底膜腎炎
  • 急速進行性糸球体腎炎（RPGN）
  • ベーチェット病
  • 成人スチル病
  • 強直性脊椎炎
• 臓器特異的自己免疫疾患
  • 自己免疫性肝炎（AIH）
  • 原発性胆汁性胆管炎（PBC）
  • 天疱瘡
  • 類天疱瘡（後天性表皮水疱症を含む）
  • 慢性甲状腺炎（橋本病）
  • バセドウ病
  • 潰瘍性大腸炎（UC）
  • クローン病（CD）
  • 特発性血小板減少性紫斑病（ITP）
  • 自己免疫性肺胞蛋白症（PAP）

抗リン脂質抗体症候群（Antiphospholipid syndrome: APS）は，ループスアンチコアグラント（LA）や抗カルジオリピン抗体などの抗リン脂質抗体の出現が認められ，動静脈血栓症，習慣流産・胎児死亡などの特徴的な臨床症状を呈する自己免疫疾患です．SLEなどの膠原病に合併して起こるものを二次性APS，他の膠原病を合併しないものを原発性APSと呼んでいます．また，急速に多発性の血栓症を生じ，腎機能障害，中枢神経障害により予後不良となるものを劇症型APS（catastrophic APS: CAPS）といいます．

動静脈血栓症

末梢血管・皮膚（四肢壊疽、皮膚潰瘍、網状皮斑、爪床出血）
肺（肺梗塞、肺高血圧症）
肝・脾臓（Budd-Chiari症候群、肝動脈血栓、NRH (nodular regenerative hyperplasia)）
心臓（心筋梗塞）
腎臓（腎動脈血栓、腎静脈血栓、微小血管性糸球体炎）
消化管（腸間膜動脈血栓症）

習慣流産・胎児死亡、網膜病変、視神経病変など